Pertanianku — Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian (Balitbangtan) membangun Pusat Genom Pertanian Indonesia (PGPI) yang merupakan basis data genom. Sebab, saat ini data genomia dari komoditas pertanian masih cukup sulit untuk ditemukan.
Di Indonesia sendiri sebenarnya sudah cukup banyak wadah yang berasal dari berbagai institusi penelitian dan pengembangan di luar negeri yang dapat menampilkan data genomika.
Pusat Genom Pertanian Indonesia yang dibangun oleh Balitbangtan merupakan basis data genom pertama yang menyajikan berbagai informasi seputar analisis re-sekuensing genom, analisis transkripton, analisis de novo, dan genemo-wide genotyping.
Komoditas yang tersedia di dalam PGPI antara lain tanaman palma seperti kelapa, kelapa sawit, dan aren. Selanjutnya, komoditas tanaman industri seperti jarak pagar dan kakao. Ada pula komoditas tanaman hortikultura seperti cabai, kentang, dan pisang. Selain itu, ada komoditas tanaman pangan seperti padi, jagung, dan kedelai, dan komoditas hewan ternak seperti sapi.
“Kita juga saat ini tengah mengembangkan database genom untuk mikroba dan marine species,” ujar Peneliti Balitbangtan, Hakim Kurniawan yang dilansir pada laman Kementerian Pertanian Badan Litbang Pertanian.
Seluruh data yang telah dipaparkan dapat diakses dengan mudah oleh masyarakat pada situs http://genom.litbang.pertanian.go.id. Menurut Hami, PGPI yang telah dibangun oleh Balitbangtan merupakan pelopor yang baik dalam berbagi data pada bidang genomika, khususnya untuk sumber daya genetik unik yang ada di Indonesia, atau yang sering digunakan dalam program pemuliaan di Indonesia.
“PGPI ini juga dilengkapi oleh help desk yang membantu para pengguna untuk berkonsultasi terkait penelitian genomia maupun aplikasi informasi di PGPI,” lanjut Hakim Kurniawan.
Pada situs web PGPI terdapat dua komponen utama, yaitu pangkalan data atau database dan komponen penjelajah genom atau genome browser. Database yang berada dalam situs sangat bervariasi seperti SNP, SSR, InDel, dan SNAP. Sementara, dalam genome browser dalam situs tersebut berisikan aplikasi dengan interface grafis yang berfungsi untuk menampilkan data tentang genomika.
Selain data genomika, genome browser dalam situs tersebut juga menampilkan visual dari keseluruhan genom dan data bernotasi seperti struktur gen, protein, ekspresi, variasi, regulasi, dan analisis komparatif.
Saat ini sudah terdapat 11 institusi litbang dalam negeri dan luar negeri yang telah bergabung dan memberikan kontribusi dalam PGPI.